1884年中法戰爭爆發,北部七所禮拜堂 被燒燬、搶劫,惟水返腳教會房屋係為租借非教會所有,會友又多逃避,故僅受內部設備之破壞而已,隔年6月中法講和,會友陸續回鄉禮拜,教勢日盛。 1890年5月3日水返腳禮拜堂落成,此乃眾信徒合力奉獻而成。1901年北部教會為紀念偕牧師特擇定「水返腳」和「打馬煙」兩間石造的禮拜堂為『馬偕紀念禮拜堂』。
1961年教會籌劃於原教堂前方再建新禮拜堂工程,1964年8月新禮拜建造完成,至此汐止教會由前、後禮拜堂二棟建築物組成,教會在汐止地區肩負宣教傳褔音事工、由於汐止市位於台北市首都周圍,隨著城市發展外來人口日益增加,2005年深感以舊有二棟一樓建物對發展社區褔音事已不敷使用、加上建物歷經百年及46年已屬老舊,所以有了重新規劃合併前後禮拜之重建計劃,目前重建階段已至營造發包、開工時期,預計2012年即汐止教會設教130週年時獻堂。
展望未來,期待新建禮拜堂完成,可以成為汐止車站商圈地標,也努力發展教會組織、造就會友信仰,讓教會軟、硬體皆有顯著進步,在汐止地區高舉耶穌救贖褔音,讓更多人藉著汐止教會認識上帝,分享主愛。